对于仪器设备的维护与运行，中心下属各实验室制定了严格的仪器设备管理制度，根据“满足需求、合理使用”的原则，有区别、有限制地向不同层次和要求的课程开放。各实验室在遵守实验中心制定的《实验室设备管理条例》，还分别制订了各自的仪器设备管理制度。
在实验室教学中，大型实验器材设备在使用前能够做到提前预约，用前登记；用时专人操作，用后及时清理、维护、保管，杜绝了由于管理缺失或人为操作不当而引起的对于设备的可能的损坏。同时，各实验室定期的检查及日常的维护也能落到实处，确保大型设备始终处于良好的运行之中。
其他小型设备及常规器材的使用也有完善制度保障，实验室在出借小工具之前也会明确要求学生按规范操作以确保安全。在学生使用过程中，实验技师人员可对学生具体使用工具情况给予相应的指导，以尽可能的使设备资源的使用处于最佳状态。同时，实验中心要求对这些设备具有日常的维护与定期的保管，如发现问题及时的维修处理，防患于未然，因此使用率极高的小型设备也都能尽其所用。学校每年会下拨专项的实验室维护和维修经费，以保障实验教学的正常运行，并实施专款专用。中心现已做到：
1、 仪器设备完好率达95%以上。
2、 中心运行维护费已占仪器设备总值的3%以上，每年学校下拨维护建设经费350万元。
3、 一般机电设备平均新率在5%以上，电子仪器15%以上，计算机25%以上。
4、 贵重仪器设备的年使用效益评价分数在75分以上。